Rozwój chrześcijaństwa w Japonii zapoczątkowany w 1549 r. za sprawą św. Franciszka Ksawerego po latach napotkał szereg problemów. Rosnąca liczba wyznawców spowodowała zmianę nastawienia władz, które obawiały się osłabienia swej pozycji. Innymi przyczynami wycofania przez siogunów i panów feudalnych (daimyō) poparcia dla działalności misji były konflikty między kupcami hiszpańskimi i portugalskimi a także spory między samymi misjonarzami o metody ewangelizacji. Francisco Xavier opuścił Japonię w 1551 roku. Do tego czasu chrześcijaństwo przyjęło 2 tysiące Japończyków w tym wielu przedstawicieli klas wyższych. W 1581 roku było w Japonii już 200 kościołów i ok. 150 tysięcy katolików. Europejskie statki zawijały głównie do portów na zachodnim Kyūshū. Dlatego Ōmura Sumitada założył port w Nagasaki, a w 1580 roku przekazał go pod administrację jezuitom. Już wtedy miasto było głównym ośrodkiem katolicyzmu w Japonii. Relacje z chrześcijanami były tak dobre, że feudałowie z południowo-zachodnich prowincji postanowili wyprawić poselstwo do Europy. Wyruszyło ono w 1582 roku. Japończycy gościli w Madrycie, Rzymie i Wenecji. Na audiencji przyjął ich papież, a posłów hojnie obdarowano dziełami sztuki, mapami i urządzeniami mechanicznymi. Jak więc widać kraj kwitnącej wiśni był na dobrej drodze do stanie się państwem katolickim. Wszystko zaczęło się diametralnie zmieniać od roku 1587. Szybki wzrost znaczenia chrześcijan zaczął budzić niepokój Japończyków wiernych dotychczasowym wierzeniom. Niezadowoleni byli oczywiście mnisi buddyjscy i kapłani shinto. Również wielu daimyō zaczęło podejrzliwie spoglądać na katolików. Było to po części spowodowane działalnością samych misjonarzy. Ci oprócz szerzenia wiary zajmowali się niejednokrotnie szpiegowaniem na rzecz europejskich mocarstw. Nakładała się na to rywalizacja między wspieranymi przez Portugalię jezuitami, a popieranymi przez Hiszpanię franciszkanami. Arcybiskup Alessandro Valignano zabronił misjonarzom wtrącania się w wewnętrzne sprawy Japonii. Zakazu jednak nie przestrzegano. Europejczycy coraz częściej mieszali się do japońskiej polityki. Już 19 czerwca 1587 roku wydano pierwsze dekrety antychrześcijańskie. Akty te mówiły, że Japonia jest krainą bogów z panteonu shinto. Uznano w nich, że misjonarze działają sprzecznie z japońskimi prawami, zachowują się arogancko, niszczą świątynie i klasztory wzniesione ku czci bóstw i Buddy. W dekretach stwierdzano, że takie zachowanie zasługuje na najwyższy wymiar kary. Nakazywano więc chrześcijańskim misjonarzom opuszczenie Japonii. Zapewniano, że nie wyrządzi im się krzywdy jeżeli zrobią to w ciągu 20 dni. Po upływie tego terminu każdy schwytany misjonarz będzie traktowany jak przestępca. Pomimo tego zezwalano Japończykom na przyjmowanie chrześcijaństwa. Mogli to robić tylko przedstawiciele niższych warstw społecznych oraz ubodzy samurajowie. W latach 1599-1630 ochrzczono w Japonii 2 miliony osób. W 1614 roku Ieyasu Tokugawa zakazał chrześcijaństwa, zaś w połowie XVII wieku rozkazał wydalić europejskich misjonarzy oraz wymordować nawróconych Japończyków Od momentu zdelegalizowania chrześcijaństwa represje zaczęły przybierać na sile. Wraz z zamknięciem się Japoni na świat rozpoczęła się historia „kakure kirishitan”- ukrytych chrześcijan. Zdołali oni przetrwać cały okres szogunatu Tokugawów. Szacuje się, że na przełomie XVII i XVIII wieku było ich około 150 tysięcy. Wierni publicznie praktykowali buddyzm lub shintoizm, ale skrycie celebrowali obrzędy i modlitwy chrześcijańskie.
Miasto Nagasaki i okolice było świadkiem największych prześladowań, gdyż właśnie tam przybyli pierwsi misjonarze i zdołali nawrócić większość mieszkańców. Najbardziej "pokazowym" przykładem męczeństwa było publiczne ukrzyżowanie 28 chrześcijan na wzgórzu Nagasaki. Grupa Męczenników z Nagasaki to ofiary pierwszych prześladowań wymierzonych przeciwko katolikom. Zostali aresztowani i poddani torturom. Obcięto im uszy i tak okaleczonych wystawiono na widok publiczny, wożąc po ulicach miasta. W trakcie egzekucji skazańcy modlili się i śpiewali psalmy. Powieszeni na krzyżach zostali dobici przez katów lancami.
Ruiny zamku Hara
Wioska Sakitsu na Amakusa
Wioska Shitsu na Sotome
Wioska Ono na Sotome
Wioska Egami na wyspie Naru
Wioska Kasuga i Góra Yasumandake na Hirado
Wyspa Nakaenoshima
Resztki wiosek na wyspie Nozaki
Wioski na wyspie Kashiragashima
Wioski na wyspie Kuroshima
