Nazwa Şəki wywodzona jest od ludu Saków, zwanego także Scytami ałtajskimi – koczowniczego plemienia, które prawdopodobnie przybyło w te strony w VII wieku p.n.e. i zamieszkiwało te okolice przez kilkaset lat. Przedstawiciele tego plemienia w I wieku p.n.e. walczyli przeciw Rzymianom i niedaleko od miasta pokonali Pompejusza. Już wcześniej miasto było jednym z ośrodków Albanii Kaukaskiej i jej centrum religijnym. W V wieku rejon miasta Şəki wszedł w skład perskiego państwa Sasanidów. W 722 miasto zostało zniszczone przez potoki błotne, które zeszły z gór. W wyniku tego odbudowano miasto kilka kilometrów niżej na południe. Miasto rozwijało się dzięki temu, iż znajdowało się na trasie jedwabnego szlaku łączącego Zachód z Bliskim i Dalekim Wschodem. W XV-XVII w. ziemie terenu Şəki przechodziły na zmianę z rąk perskich w tureckie. Pod panowaniem chana Hadżiego Czalabiego (1743-1755) chanat szekijski stał się pierwszym niezależnym chanatem na terenie dzisiejszego Azerbejdżanu.
Pałac Chanów Szekijskich zbudowano po dużej powodzi z końca XVIII wieku, po której centrum miasta przeniesiono na wyższe tereny. Budowa pałacu, zlecona przez Muhammad Hasan Chana, trwała od 1789 do 1797, a pracami kierował prawdopodobnie architekt zwany Abbasgułu. Pałac zbudowano techniką bez użycia gwoździ. Ze względu na występujące w tym rejonie trzęsienia ziemi w trakcie budowy zastosowano specjalne metody antysejsmiczne, dzięki czemu pałac bez żadnego uszczerbku przetrwał do dziś. Wzniesiono także kilkadziesiąt innych budynków, m.in. pałac zimowy, rezydencje członków rodziny panującej, a także pomieszczenia dla służby, jednak żadne z tych budowli nie przetrwały do dzisiaj. Pałac restaurowano w latach 1952-1967, a pracami kierował architekt Niyazi Rzayev.
